دکتر احمدی که در جایگاه رفیع علمی والایی قرار دارد به تحقیق و پژوهش در حوزه علوم زراعی علاقه مند بوده که حاصل تلاش ایشان تاکنون ارائه ۳۸ عنوان مقاله در همایش ها و کنگره های سراسری علوم زراعی، چاپ ۱۱ عنوان مقاله در مجلات علمی - پژوهشی داخلی، ۲ عنوان مقاله ISI و تالیف ۵ عنوان کتاب به شرح زیر می باشد:
۱. آموزش زراعت گوجه فرنگی
۲. زراعت کلزا
۳. زراعت گیاهان دانه روغنی
۴. اکولوژی گیاهی
۵. اصول تولید و فرآوری گوجه فرنگی
 
فهرست مطالب:
در این کتاب پس از پیشگفتار، به موضوعات و مطالبی پیرامون مفاهیم کاربردی و تقسیمات علم اکولوژی و بوم شناسی، شناخت شرایط اکولوژیکی و ویژگی های اکوفیزیولوژیکی گیاهان، اهمیت و جایگاه ویژه اکولوژی گیاهی و ارتباط آن با مسائل زیست محیطی پرداخته شده است. این کتاب شامل دوازده فصل می باشد که به ترتیب در فصل اول مفاهیم اکولوژی، فصل دوم معرفی اکوسیستم (بومگان)، فصل سوم عوامل اکولوژیکی، فصل چهارم جریان  انرژی و چرخه مواد در اکوسیستم، فصل پنجم رشد  و تکامل اکوسیستم ها، فصل ششم اکولوژی جمعیت، فصل هفتم اکولوژی محیط های مختلف، فصل هشتم اکولوژی مراتع و منابع طبیعی، فصل نهم دانش بوم شناسی و ارتباط  آن با مدیریت مراتع، فصل دهم توسعه و تثبیت اجتماعات گیاهی، فصل یازدهم  بوم  شناسی کشاورزی و فصل دوازدهم مطالعات فنولوژیک گیاهان مرتعی مورد بحث و بررسی قرار گرفته است. این کتاب می تواند مورد استفاده علاقه مندان به مسائل اکولوژی گیاهی به ویژه کارشناسان و دانشجویان رشته های کشاورزی و منابع طبیعی و محیط زیست قرار گیرد.
 
به قلم دکتر مصطفی احمدی:
بهره برداری از طبیعت  به عنوان تأمین کننده بخش بیشتری از نیازهای انسان همواره به صورت یک جانبه و غالبا بر اساس تأمین منافع کوتاه مدت بوده است. بنابراین امروزه آسیب به منابع طبیعی و پیامدهای زیانبار آن خطری جدی برای نسل های آینده به شمار می رود. اکولوژی علمی است که به سامانه های تأمین کننده نیازهای انسانی پیوند داشته و پایه های روش نگهداری منابع طبیعی قابل تجدید و غیر قابل تجدید  را تشکیل می دهد. این دانش علوم گیاه شناسی و جانورشناسی را به یکدیگر پیوند داده و برهمکنش های بین گیاهان، جانوران و محیط را در می گیرد. در این مجموعه تلاش شده تا با بهره گیری از منابع مختلف و معتبر علمی اعم از کتب دانشگاهی و مجلات علمی - پژوهشی به مسائل مربوط به اکولوژی گیاهی پرداخته شود.
 
کتاب زراعت اکولوژی گیاهی در تابستان  ۱۳۸۹ با تیراژ ۱۰۰۰ نسخه توسط انتشارات موعود اسلام به بازار کتاب عرضه شد. علاقه مندان می توانند این اثر را از کتاب فروشی معلم شهر کاکی واقع درخیابان امام خمینی تهیه نمایند.
 
در صفحاتی از کتاب چنین آمده:
اکولوژی کشاورزی دانش و روش شناسی مورد نیاز برای تکامل نوعی نظام کشاورزی را فراهم می سازد که از یک سو با طبیعت هماهنگی دارد و از سوی دیگر بر تولید اقتصادی ماندگار است.

یکی از اهدافی که در کشاورزی پایدار دنبال می شود دستیابی به اکوسیستم هایی شبیه اکوسیستم های طبیعی است که خروجی آن به صورت برداشت محصول می باشد. کشاورزی پایدار نیاز به نوعی مدیریت اراضی دارد که به وسیله ٱن با بهبود عملکرد به طور همزمان توازن اکولوژیکی مناسبی را در اکوسیستم های کشاورزی فراهم سازد. کشاورزی پایدار یکی از  شیوه های مدیریت تولید مناسب است که سبب بهبود و گسترش سلامت اکوسیستم های زیستی، چرخه های زیستی و فعالیت های بیولوژیکی خاک می شود. این نظریه تأکید دارد که از نهاده های داخل مزرعه استفاده شده و از نهاده های بیرونی استفاده نشود و برای این منظور نیاز به سیستم های سازگار پذیری در هر منطقه وجود دارد. کشاورزی پایدار برای محیط زیست پیامدهای مثبتی مانند پایداری و ماندگاری در مدت زمان طولانی را به همراه دارد. خیلی از تغییرات محیط زیست در دراز مدت اتفاق می افتد. کشاورزی پایدار به این دلیل که در آن مطابق اکوسیستم رفتار می شود اثر زیانباری برای محیط زیست ندارد.